刘裕回京后向天子献俘，在建康街头把姚泓斩首，安排徐羡之出任尚书仆射，管理朝中事务。而后回到彭城，接受了相国、宋王的称号和皇上赏赐的九锡。
此时刘裕已经五十五岁了，儿子们还很年幼，担心将来他们无法顺利掌权，因此决心自己来完成禅代。于是问中书侍郎王韶之，说：“陛下在位已经二十二年了，还没有子嗣，如有不测，何人可以继承帝位？”王韶之回答说：“当由琅琊王继位。”王韶之出府后，心中疑惑，于是去问谢晦。谢晦假装不知道，王韶之一再追问，谢晦于是将当时流传的“昌明之后有二帝”的谶语给他看，昌明就是晋孝武帝。王韶之悟出其中之意，回京之后就与安帝左右密谋毒死安帝，但琅邪王司马德文一直陪在安帝左右，饮食寝处，从不离开，因而无从下手。后来司马德文生病，只好回府调养。王韶之乘机入宫，指挥内侍，用衣服作结，套住安帝脖子，生生勒死，对外谎称暴毙。义熙十四年十二月，刘裕入京，立司马德文为帝，是为晋恭帝，改年号为元熙。
不久，刘裕把宋国都城从彭城迁到丹阳，召集群臣到宋王宫中宴饮，饮酒的时候，他对众人说：“桓玄篡位时，晋朝皇室被灭，是我发义兵，复兴了晋室，多年来南征北讨，平定了四海，把皇室保全了。现在我年纪老了，享受的荣华富贵太多。事情不能太满，盛满则不能久安。我想把爵位奉还给朝廷，回京养老”。
群臣都没有听出弦外之音，只是一味地称颂。酒宴散后，中书令傅亮来到宫外，忽然悟出刘裕一番话中别有深意，立刻掉头往回走。到了宫外，大门已闭，傅亮敲开小门求见刘裕，侍卫传入宫中。傅亮晋见刘裕说：“我应快点回到京城”。刘裕明白了傅亮为什么说这番话，问：“带多少人”。傅亮说：“有几十个就够了”。
傅亮回到京城，逼恭帝征召刘裕入京辅佐朝政。次年六月，傅亮起草好禅让的诏书，逼恭帝誊抄，恭帝说；“当初桓玄造反的时候，司马家就已经失去了江山，全靠宋王辅佐，这才使晋朝又延续了二十年，如今禅位，也是心甘情愿。”说完，提笔抄录，填名盖上玺印。两天后，司马德文退居到琅邪王府。刘裕上表推辞，陈留王曹虔嗣等人和宋府群臣，都上表劝进。刘裕不同意。太史令骆达陈上天文符瑞数十条，群臣又再三劝请，刘裕只好同意。
元熙二年夏六月十四日，刘裕在南郊设祭坛，柴燎告天，接受禅让，即皇帝位，改元熙二年为永初元年，定国号宋。立长子刘义符为太子，次子刘义真为庐陵王，第三子刘义隆为宜都王，第四子刘义康为彭城王。任命司空刘道怜为太尉，封为长沙王。追封司徒刘道规为临川王。委任尚书仆射徐羡之为镇军将军，右卫将军谢晦为中领军，宋国领军檀道济为护军将军。
又降司马德文为零陵王，把他迁到秣陵，正朔、车驾、衣服等都依晋朝规格，上书不称为表，答表不称做诏，由冠军将军刘遵考带兵看管。
司马德文到秣陵后，褚皇后担心刘裕不能容他，于是亲自照料司马德文的饮食起居，夫妻二人时时刻刻都待在一起。不久，褚皇后生下一个儿子，这让刘裕觉得留下司马德文始终是个麻烦，谋划将其害死。永初二年，刘裕让琅琊侍中张伟携毒酒一瓶，前去秣陵鸩杀司马德文。张伟不忍谋害故主，可回去后又难以交代，就在路上喝下毒酒自尽。刘裕闻讯大怒，派人诛杀了张伟全家。当下心生一计，派褚淡之去探望褚皇后，暗中让自己的亲兵跟在后面。褚皇后听到兄长来了，出外相见。亲兵乘机越墙进入司马德文室内，将毒酒放在他面前，逼他快饮。司马德文摇头拒绝说：佛教有言，人若自杀，转世不得再为人身。”士兵于是将他挟上床去，用被子蒙住他的脸，用力扼死，然后跳墙而去。
褚皇后正和褚淡之聊得正高兴，突然腹痛难忍，起身如厕，从司马德文室外经过，连唤几声郎君，无人应答，大感不妙，慌忙走进室内，见司马德文躺在床上一动不动，用手一探，鼻息全无，慌得跌坐地上，伏尸大哭。褚淡之听到哭声，顾不得礼节，入内查看，见状心中已有几分明白，只得安慰妹妹节哀。褚皇后痛哭道:“苍天有眼，必使弑君之贼不得善终！”
当初司马昭杀死曹髦，挟持皇帝，司马炎逼曹奂退位，窃取江山，如今他们的子孙却落得更悲惨的下场。可惜刘裕不知道，几十年后他的后代会说愿生生世世，再不生帝王家。天理昭彰，报应不爽，不在己身，也必定会遗害子孙。
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