根部总部，志村团藏和林寻并排而行。
根部总部位置坐落于西北角的训练场地下，是一处很隐秘的地方，由石质铺垫的道路处斜角方向的机关开启，周围都是密密麻麻的稻田，还有巡逻队员和根部暗哨守护着。
和暗部一样，根部也有总队长，分队长和队员组成，由木叶村的强硬派成员志村团藏建立的，这些成员直接受命于团藏而不是火影。
“这是副部长大蛇丸。”在团藏的带领下，林寻查看了根部实验室，一旁的大蛇丸正在聚精会神的观测显微镜下细胞构造。
大蛇丸身穿一件白色实验服，衣服上还残留着一些模糊的标签和血迹。实验室布满了精密仪器和玻璃培养皿，里面有各种器官和婴儿。墙上挂着各种奇怪的仪器和试管，里面装满了不同颜色的液体。实验台上散落着各种不知名的器官和组织，散发着令人作呕的气味。旁边的暗部和医疗人员助手在在实验室里忙碌着，进行一些看似疯狂的实验，他们手中的手术刀闪烁着寒光，每一次切割都让人心惊胆战。
听到团藏的介绍声音，大蛇丸抬起头来，紫色眼影下狭长的蛇状瞳孔望向两人。“欢迎欢迎，没想到林寻君竟然会加入“根”部。”略带阴郁的声音传来，“不是加入“根”部，是成为“根”部部长。”林寻缓缓地回复道。
“成为“根”部部长吗？恭喜你团藏，你的心血组织有了继承者。”一旁的志村团藏笑着点点头，大蛇丸仿佛第一天认识他一样，看着脸上挂着和蔼的微笑，面庞如秋日的暖阳般的老人，“慈祥”一词在脑海中出现。
谁能想象，一向以残忍和冷血著称的木叶之暗，竟然变成这般摸样。年轻期间就参加了第二次忍界大战，并且是作为二代火影的护卫参加的，在一次任务当中二代火影和他手下的护卫队被雷影村的金角和银角追杀，二代主动留下来断后，并且问护卫队的成员谁愿意和他留下来一起战斗。团藏迟疑了，而护卫队的另外一个成员猿飞日斩在他之前说出了愿意陪二代殿后，成为了三代火影，团藏与火影的位置失之交臂。这也是团藏和三代不和的原因，在团藏看来是三代抢了他火影的位置。
后面发生的事情大家也都有所了解，团藏想要靠正常途径来让自己变强的话实在是太慢了，所以把主意打到了歪门邪道上面。对于木叶创立之初的两大家族窥视，使得团藏移植了写轮眼和木遁，和大蛇丸科研一拍即合，团藏资助大蛇丸进行柱间细胞的研究，并且直接用的婴儿做实验，并且把右手换成柱间细胞的手臂，在上面移植了写轮眼。（这里说一下，团藏并不是在宇智波灭族夜才得到写轮眼的，他经历过一战二战三战，在战场上刀剑无眼下，牺牲了大量宇智波一族成员，团藏在第二次忍界大战中崛起，掌握有统帅一方忍者军团权利，打扫战场暗中收集写轮眼和千手一族其他成员尸体是完全合理化行为。）
“团藏长老，火影对于这些事情清楚吗？”一旁站着的林寻望着这个疯狂的实验室，不确定的向着团藏问道。
“日斩其实知道我的研究，只是表面装作不知道，水门目前还不了解，光是处理战争和交接火影班底都让他无暇顾及。”言罢一起走向楼下梯子，大蛇丸跟之而来。
这是一个占地两百平方的厅室，中间摆放着作战沙盘，室内布局紧凑而有序，墙壁上挂着巨大的查克拉通讯显示屏，实时显示着各种战术图像、战场数据和通讯信息。房间的四壁和天花板都采用了隔音材料，室内灯光昏暗，但足以照亮各个工作区域。空气中弥漫着淡淡的电子设备散发的热量和紧张气氛的压抑感。
“大和，你去召集所有根部成员到作战室来一趟。”一个棕色寸发，脸上带着护面样式的护额，身穿蓬松的黑色作战服，外部配以木叶隐村的绿色上忍马甲的忍者点头称是后出门召集成员。
“这是根部的名单。”“这是根部研究资料。”两份名册向着林寻递来，“我看看。”林寻翻开查阅着。
“根”在木叶的正式成员有十五人，执行各种见不得光的高危任务，成员都是上忍组合成一起，每个成员都有着自己的独特能力。除了正式成员外，“根”还设有培养成员的训练营，其实就是木叶的孤儿院，收留战争时期的其他地方而来的孤儿，必须知根知底档案清白。
不一会儿的功夫，在林寻查看资料的同时根部成员已经集结完毕。
“很好，跟大家介绍一下，这位就是以后的根部部长，“彗星”林寻，他将要继承我的衣冢，我会退居二线进行辅佐。”带着笑眯眯的和蔼笑容，团藏朝着根部成员诉说着。“现在开始报告。”
“药师野乃宇，担任孤儿院院长，擅长医疗。”一位二十出头的黄发戴眼镜女性身着教堂修女服饰，手持教本说道。
“油女龙马，担任团藏大人护卫，擅长控虫。”身穿黑色斗篷，戴着黑色墨镜，右脸处纹有紫色印记的沉默男子答道，一看就是油女一族成员。
“寺井和风，根部成员，擅长战斗。”长相路人甲的男子穿着普通居家服饰，看似平平无奇的说道。
“天藏，伊布里一族，擅长将身体化作烟雾控制敌人行动。”一位和林寻差不多大的小男孩衣着单薄，炯炯有神的目光看向他。
“大和，擅长木遁，担任“根”部小队队长。”刚刚被团藏叫去召集人手的木讷男子开口道。
“药师兜，擅长医疗忍术，药师野乃宇队长部下。”一位同样带着眼镜的灰蓝色头发小正太躲目光好奇的望着林寻。
“豹，擅长战斗，担任“根”部小队队长。”有着菠萝头发型扎起来的严肃青年男子说道。
“信，根部队员，目前患病担任实验室助手。”头发发白的男子看似时日无多，身体虚弱道。
“佐井，擅长水墨忍术，根部成员。”面无表情全身发白的黑色短发男子发出空洞的声音回答着。
“山中风，擅长精神忍术，担任“根”部小队长。”身材高大，拥有橘黄色偏分头发，扎高短马尾，拥有金黄色瞳仁和方下颌的国字脸男人坚毅的站立一旁。
“油女取根，擅长毒，根部成员。”穿着覆盖全身的防护服，只漏出嘴巴和眼睛的奇妙男子双手交叉胸前道。
“信乐狸，擅长研究，科研人员。”颓废大叔风格的男子朝着林寻点头道。
介绍完毕，算上林寻，志村团藏和大蛇丸刚好十五人整。
根部和暗部其实没太大区别，就是任务接受更加不见得光，头戴的面具比起暗部的全部动物面具更有多样化，可旋转山鸟虫等图案。成员的搭配也比较合理，正面战场，感知，大范围下毒，侦查，群体木遁，特殊忍术，研究等应有尽有，宛若一个小小的忍村一般。成员实力也是毋庸置疑的，要么上忍要么特殊能力，连未来影级高手，搞事情的药师兜也在其中。
“根”的思想理念也和一般木叶忍者不一样，重点在“忍者只是工具”，没有感情，连笑都是标志性的假笑，单纯为任务而任务，甚至很难感受到恐惧，这一点属性使得根部成员更容易完成任务，这种养蛊式培养的大环境下，根部成员需要不断地厮杀角逐才能有生存的权利。也为了原剧情后面的各种背叛出“根”的忍者们埋下了祸根。
现在的“根”部，宇智波止水已经脱离出去，成为了暗部队长，林寻思索着道，“目前有哪些重要任务？”“暗杀雷影，暗杀奇拉比？”看着汇报中的任务无语道。这俩影级强度，就你们这帮上忍小卡拉蜜怎么完成。。。
“今后这种完成不了的任务就别发布了，浪费时间，“根”部在我的领导下，原来的任务形式大体不变，去掉送死的任务，更加人性化一些，后面我会和水门大人商讨着如何让大家也同样拥有行走在阳光下的权利。”望了望团藏，老头并没有反对。
“下面进行原有编队调整，药师野乃宇，药师兜两人重新整合成医疗和情报小队，观测孤儿院来者状况，提供“根”的新鲜血液。”“大和保持根部小队队长不变，名下战斗人员调整为天藏，寺井和风，油女龙马。”“豹也保持根部小队队长不变，名下战斗人员调整为佐井，山中风，油女取根。”顿了顿喝口水看向大蛇丸道。“大蛇丸保持根部副部长的同时，兼职实验室部长，名下实验助手为信乐狸，信。”
“目前分为四个组，后勤孤儿院组，两个战斗小组，一个实验小组，有疑问吗？”“没有！”众人望着新部长整齐划一的回答道。“现在，解散，各自负责各自的任务。”
众人纷纷离开室内，互相整合着各自的情报和未来的部长情况，“不知道新部长对我们根部的身份如何调整。”“最起码比现在强，现在都是严密控制不能和外人说道。”“嘿嘿，现在我是你队长了!““闭嘴！”“新部长这么年轻啊，就是没有眉毛和头发怪怪的。”“这你就不知道了吧，新部长刚和人柱力和尾兽战斗过，刚刚的巨大爆炸声就是战斗的痕迹！”“竟然这么强？看他的样子也是十岁这样，竟然已经是影级中佼佼者了。”“你没看到团藏大人的眼神和笑容吗，明显是有了这么一个继承者的关爱。”“真没想到团藏大人脸上也能有慈祥的笑容。”众人议论纷纷，讨论着，并且有着站在阳光下的身份渴望和向往。
待大伙四散开来，作战室又回到了三人，“寻君真是好果断，不愧是击退尾兽的强大天才！”“过奖过奖，鼬在大蛇丸前辈的教导下实力惊人，不必谦虚。”客套话后，林寻朝着大蛇丸问道，“现在柱间细胞和写轮眼，白眼的研究如何？”“如你所见，目前只有大和一人掌握柱间细胞，使用木遁，团藏大人的柱间细胞右手只是和写轮眼互相牵制。”说着志村团藏把右手袖子提了上来。
看着怪异的人脸从右肩膀处出现，手臂上镶嵌着十来颗三勾玉写轮眼的异形团藏，林寻不禁摇头。
“太浪费了，写轮眼留下两颗就行了，剩下的可以继续研究，千手一族和宇智波一族要的不是牵制而是融合，在他们族中传说，两族祖先是兄弟，同属于大筒木辉夜的儿子，研究的方向有问题，改善一下。”“另外，对我进行白眼的移植，在双眼处。”“我这就去准备。”大蛇丸忙碌的回去实验室。
“团藏长老觉得如何？”“你做得很好，根部高压下确实会出问题，老夫的右手也时常感受到两种力量的对抗带来的身体不适，减少写轮眼或许可以更好地加快融合，一直用查克拉进行两种力量的压制也不是事情。”团藏摸了摸右手，怪异的右手十几颗眼睛眨眼望向林寻道。
“可以削弱柱间细胞能量，进行稀释，这一点找大蛇丸进行，两股非自身力量直接大量植入，身体的免疫系统和能量冲突还是太严重了。”“另外，根部的阴属性和阳属性查克拉忍术和研究情况如何？”
“在下一层的忍术室。”两人随之前往忍术室内查看。
这是一个石质的密室，大约五十平方。空气中弥漫着潮湿和腐朽的气息。四周的墙壁上爬满了藤蔓，仿佛要将整个空间吞噬。一排排整齐的书架，上面摆满了各式各样的书籍，从忍术到科研到医疗，应有尽有。书架间穿插着舒适的阅读椅，供读者们阅读和休息。密室的中央有一张破旧的桌子，上面散落着一些不知名的文件和工具。“这里是木遁开辟的空间，由我来控制的。”团藏一边走着一边自豪道。
“你这审美。。。”林寻脑海中无力的吐槽着，中间的破桌子怎么看怎么不自在。
在这庞大的知识宝库，林寻和团藏有问有答的进行着暗部交接和指导。偶尔的翻书声和笔触在纸上的划线声形成了优美的和弦，“我也有继承自己忍道的传承者了，日斩，并不只是你有优秀的传承者！”
一位老人在生命的黄昏时刻，将自己一生为之奋斗的组织和事业传授给未来希望。
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